自20世纪90年代以来，国际银行业的运行环境和监管环境发生了很大的变化：一是信用风险远未消除，市场风险、流动性风险及法律风险等的破坏力日趋显现，在银行资本与风险资产比率基本正常的情况下，以金融衍生商品交易为主的市场风险频频发生，诱发了国际银行业中多起重大银行倒闭和巨额亏损事件；二是亚洲金融危机爆发和危机蔓延所引发的金融动荡，使得金融监管当局和国际银行业迫切感到重新修订现行的国际金融监管标准刻不容缓，要尽快改进以往对资本金充足的要求，能更好地反映银行的基础风险，加强金融监管的国际合作，以维护国际金融体系的稳定。
面对这些新的情况，1988年巴塞尔资本协议的不足之处逐渐暴露出来：一是对银行业面临的风险理解显得片面，并不能真实地反映银行经营面临的真实风险。虽然1995年的修订加入了有关市场风险的条款，但是协议中突出强调的还是信用风险，对于市场风险的规定过于笼统，对于银行账面资产的利率风险、操作风险、流动性风险、法律风险以及名誉风险等非信用风险缺乏可操作性；二是银行进行资本套利交易，往往不会改变根据原来协议指定方法所计算的资本充足比率，但却引发商业银行资产质量下降。因此，有必要对资本套利交易规定相应的风险权重；三是存在某些歧视性政策，如计算资本充足比率时，确认资产(包括对政府、银行、企业的债权)风险权重的大小主要依据债务人所在国是否为经合组织成员国，成员国的主权风险为零，而非经合组织国的主权风险为20％；最后是忽视了商业银行自身稳健经营的内部动力。
巴塞尔协议作为国际银行监管中最具影响的国际协议之一，新框架的颁布预示着国际金融监管的发展方向。在上述背景下，近几年学术界以及银行业自身都在银行业风险的衡量和定价方面作了大量细致的探索性工作，建立了一些较为科学而可行的数学模型。这些研究成果为巴塞尔委员会重新制定新的资本框架提供了技术上的可能性。
1999年6月，巴塞尔委员会公布了《新的资本充足比率框架》的征求意见稿，对1988年的《巴塞尔协议》作了较为彻底的修改。经过多次修改，巴塞尔银行监管委员会公布了巴塞尔新资本协议（简称Basel II）的第三次征求意见稿，根据巴塞尔委员会有关规程，第三稿的公布是构建新资本充足率框架的一项重大步骤。第三稿在很大程度上吸收了来自40多个国家350多家银行参与进行了资本协议定量影响分析工作（QIS3），第三稿公布后，巴塞尔委员会在收到意见后随即进行分析和采纳，并在委员会的官方网站上公布收集到的大多数意见。
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